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南京農(nóng)業(yè)大學(xué)動物醫(yī)學(xué)院的前身為1921年創(chuàng)立的東南大學(xué)畜牧獸醫(yī)系，是我國最早成立的畜牧獸醫(yī)系之一。1927年改名為中央大學(xué)畜牧獸醫(yī)系， 1952年全國院系調(diào)整時組建南京農(nóng)學(xué)院畜牧獸醫(yī)系。1984年，更名南京農(nóng)業(yè)大學(xué)，分設(shè)獸醫(yī)系和畜牧系；1994年，經(jīng)農(nóng)業(yè)部批準(zhǔn)，在南京農(nóng)業(yè)大學(xué)獸醫(yī)系的基礎(chǔ)上成立動物醫(yī)學(xué)院。

動物醫(yī)學(xué)院學(xué)科實(shí)力居國內(nèi)一流，享有較高的國際聲譽(yù)。曾為國務(wù)院學(xué)位委員會獸醫(yī)學(xué)科評議組召集人任職單位，現(xiàn)為全國獸醫(yī)專業(yè)學(xué)位教育指導(dǎo)委員會秘書處掛靠單位和副主任委員任職單位。1995年設(shè)獸醫(yī)學(xué)博士后流動站，1998年獲獸醫(yī)學(xué)一級學(xué)科博士學(xué)位和碩士學(xué)位授予權(quán)，1999年獲獸醫(yī)博士專業(yè)學(xué)位和獸醫(yī)碩士專業(yè)學(xué)位學(xué)位授予權(quán)。 擁有農(nóng)業(yè)部動物細(xì)菌學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、農(nóng)業(yè)部動物生理生化重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、豬鏈球菌OIE參考實(shí)驗(yàn)室、現(xiàn)代化的動物實(shí)驗(yàn)中心等科研平臺。2007年獸醫(yī)學(xué)一級學(xué)科評為國家重點(diǎn)學(xué)科，2010年被評為江蘇省優(yōu)勢學(xué)科。